Comment articuler Crédit d’Impôt Recherche et statut JEI sans erreur ?

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI) sont deux dispositifs majeurs de soutien aux startups innovantes. Bien utilisés, ils permettent de financer une part significative de vos dépenses de R&D, sous forme d’allègement fiscal et de trésorerie directe.

Mais attention : mal articulés, ils peuvent aussi entraîner des erreurs de déclaration, voire un redressement fiscal ou la perte du statut JEI. Dans cet article, nous vous expliquons comment cumuler CIR et JEI intelligemment, dès la phase d’amorçage, et comment structurer votre projet pour en tirer le meilleur sans faux pas. Pour découvrir comment bénéficier du crédit d’impôt recherche en tant que startup en amorçage, lisez la suite.

CIR et JEI : deux dispositifs différents mais complémentaires

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR)

Le CIR est un crédit d’impôt sur les sociétés équivalent à 30 % des dépenses R&D engagées, remboursable si la société n’est pas encore imposable. Il vise à encourager l’investissement dans la recherche, quelle que soit la taille de l’entreprise.

Principales caractéristiques :

• Remboursement ou déduction d’impôt

• Déclaration annuelle via formulaire CERFA 2069-A-SD

• Nécessite un dossier technique précis et des justificatifs comptables rigoureux

• Aucun plafond de chiffre d’affaires ni de salariés

Le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI)

Le JEI est un statut fiscal destiné aux startups réellement innovantes en phase de démarrage. Il offre des exonérations de charges sociales sur les salaires R&D et une exonération partielle d’impôt sur les bénéfices.

Conditions d’éligibilité JEI en 2025 :

• Moins de 8 ans d’existence

• Être une PME au sens communautaire

• Être indépendante (pas détenue à +50 % par un grand groupe)

• Engager au moins 15 % de ses charges totales en R&D

• Réaliser des projets innovants répondant aux critères du CIR

Peut-on cumuler CIR et JEI ? Oui, mais avec rigueur

Le cumul est autorisé et prévu par la loi

Les deux dispositifs peuvent s’appliquer sur les mêmes dépenses de R&D, mais selon des logiques différentes :

• Le CIR vous rembourse une partie des dépenses engagées

• Le JEI vous exonère d’une partie des charges patronales sur les salaires R&D

Ce cumul est parfaitement légal, à condition de respecter les règles de calcul et de ne pas doubler les avantages.

Attention au risque de double financement

L’administration fiscale est très vigilante sur ce point : vous ne pouvez pas valoriser deux fois la même dépense.

Exemple :

• Le salaire d’un développeur est éligible au CIR

• Mais la part exonérée de charges sociales grâce au statut JEI ne peut pas être incluse dans la base du CIR

• Il faut donc déduire les exonérations JEI des charges patronales avant de les intégrer dans le CIR

Pour en savoir plus sur les précautions à prendre, consultez notre article sur comment éviter un redressement fiscal lié au CIR quand on est une startup.

Comment articuler CIR et JEI sans faire d’erreur ?

1. Mettre en place un suivi clair des dépenses éligibles

Vous devez pouvoir ventiler précisément vos dépenses de R&D :

• Salaires

• Charges sociales

• Prestations externes

• Matériel, logiciels, amortissements

Tenez une comptabilité analytique ou un tableau de suivi des dépenses R&D, avec une colonne spécifique pour déduire les exonérations JEI des montants CIR. Pour en savoir plus sur les dépenses éligibles, consultez notre article sur CIR et développement logiciel : quelles dépenses sont réellement éligibles ?.

2. Suivre la règle de non-cumul automatique des allègements

Le BOFiP précise que si vous bénéficiez d'une exonération de charges JEI, vous devez l'exclure du calcul de vos charges sociales éligibles au CIR. Cela concerne principalement :

• Les charges patronales Urssaf

• Les cotisations d’assurance chômage

• Les cotisations retraite complémentaire

Seule la part réellement versée par l’entreprise peut être incluse dans le CIR. Pour des informations supplémentaires sur l'intégration des salaires de vos développeurs, consultez notre article sur CIR et recrutement : puis-je intégrer les salaires de mes développeurs dans le crédit d’impôt ?.

3. Séparer les documents déclaratifs

• La demande de statut JEI (via l’administration fiscale) peut être faite dès la première année, en y joignant une description de vos travaux R&D

• La déclaration CIR se fait à la clôture de l’exercice fiscal, avec la formulaire 2069-A-SD et, en cas de contrôle, une annexe technique

Ne mélangez pas les pièces justificatives. Gardez une logique claire et cohérente entre vos déclarations fiscales et vos éléments comptables.

L’importance d’une équipe structurée pour sécuriser vos dispositifs

Pourquoi le duo CIR + JEI repose aussi sur l’humain

Ces dispositifs ne sont pas des formulaires à cocher. Ils supposent :

• Une capacité à structurer un projet R&D

• Une traçabilité des travaux techniques

• Une rigueur dans les embauches, les contrats, les temps passés

Un solo founder aura du mal à tout documenter, tout exécuter et tout justifier seul — surtout s’il est non-tech.

👉 La solution ? Trouver un associé sur Cofondateur.fr. Une équipe fondatrice structurée (business + tech) permet non seulement d’exécuter plus vite, mais aussi de rendre vos travaux R&D crédibles face à l’administration.

Un cofondateur technique, un avantage décisif

Un associé CTO ou lead dev vous aide à :

• Définir des verrous technologiques précis

• Documenter les sprints techniques de manière structurée

• Justifier l’éligibilité des travaux au CIR et au JEI

• Co-construire un produit réellement innovant, pas juste fonctionnel

Sans cela, votre statut JEI pourrait être remis en cause… et votre CIR recalé en cas de contrôle.

Conclusion : sécuriser CIR + JEI, c’est possible avec méthode (et une bonne équipe)

Cumulables, puissants, non dilutifs, le CIR et le statut JEI sont deux outils à activer dès les premiers mois d’une startup tech. Mais leur articulation exige de la rigueur, de la clarté et une vraie capacité d’exécution.

👉 Avant de déposer votre demande JEI ou votre premier dossier CIR, assurez-vous d’avoir une équipe fondatrice solide. Sur Cofondateur.fr, vous pouvez rencontrer le bon associé pour construire un projet R&D crédible, ambitieux… et fiscalement sécurisé. Pour plus de ressources, visitez également Le Coin des Entrepreneurs.